造成儿童肥胖的因素较多，具体病因、致病机制复杂多样。
1、热量摄入过多：摄入过多的热量导致脂肪合成增加，是导致肥胖的基础。
2、热量消耗少：如主动运动和被动运动少，摄入的热量没有得到充分的消耗。
3、遗传因素：家族中有肥胖家族史的孩子发性肥胖的概率相对高。
4、家庭环境因素、生活方式以及肠道菌群失调等相关因素也会导致儿童肥胖。
1、内分泌系统：糖代谢异常（包括空腹血糖受损、糖耐量受损以及2型糖尿病）、高胰岛素血症、性发育异常、高雄激素血症、多囊卵巢综合征等。
2、心血管系统：长时间肥胖会引起高血压、血脂异常、左心室肥大等。
3、呼吸系统：阻塞性睡眠呼吸暂停（肥胖儿童常常在夜间睡眠时出现阵发性呼吸暂停，该综合征与肥胖，气喘有关，发病隐匿，往往由旁人发现，有时甚至可危及生命）、肥胖低通气综合征、哮喘等。
4、消化系统：肝功能损伤（非酒精性脂肪肝）、胆囊疾病等。
5、神经系统：特发性颅内压升高、偏头痛、多神经病等。
6、皮肤：黑棘皮病（提示有胰岛素抵抗）、三叉神经炎、化脓性汗腺炎、糖疹和肥胖紫纹等。
7、心理问题：肥胖的孩子大多存在心理自卑，抑郁和焦虑等情绪异常、药物滥用饮食异常、嗜睡、注意力不集中等问题。
8、肌肉骨骼：下肢关节痛活动障碍、股骨头骨骺滑脱症或胫骨内翻等。